生物發酵工程是生物工程的一個重要組成部分。發酵工程發源于家庭或作坊式的發酵制作（農產手工加工），后來借鑒于化學工程實現了工業化生產（近代發酵工程），最后返璞歸真以微生物生命活動為中心研究、設計和指導工業發酵生產（現代發酵工程），跨入生物工程的行列。

而微生物發酵技術以現代發酵技術為核心，利用微生物的代謝活動過程，經生物轉化而大規模地制造各種工業發酵產品，已經形成了一個品種繁多、門類齊全的獨立工業體系，在國民經濟中占有重要地位。

微生物發酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養條件。發酵工程的應用范圍有：⑴醫藥工業，⑵食品工業，⑶能源工業，⑷化學工業，⑸農業：改造植物基因；生物固氮；工程殺蟲菌生物農藥；微生物養料。⑹環境保護等方面。